一、黄体功能不全
卵巢破裂排卵后，形成黄体，黄体分泌孕激素和雌激素。受孕后，黄体继续维持妊娠4～6个月才开始退化，妊娠早期黄体寿命及其功能是受绒毛膜促性腺激素（HCG）作用。孕卵在子宫着床后，从卵胚细胞中分化出合体滋养层，与之相接触子宫蜕膜将来发育成胎盘，合体滋养层很快分泌HCG进入母体，使黄体寿命延长，并刺激其合成孕激素，以维持妊娠。
二、母亲与胎儿血型不合
假如母亲和胎儿之间血型不合，胎儿从父亲方面得到抗原，进入母体产生抗体，抗体通过胎盘进入胎儿血循环，作用于红细胞，使之破坏溶血，严重可使胎儿死亡，导致晚期流产。
三、子宫发育异常
先天性子宫畸形如双角子宫、鞍状子宫、子宫过小，宫腔粘连、子宫肌瘤等也可造成习惯性流产。子宫是孕卵着床、发育、成长处所，是胚胎发育土壤，子宫异常使孕卵无法正常发育便导致流产。
四、子宫颈内口松弛
习惯性晚期流产常由宫颈内口松弛引起。由于手术损伤，少数是先天性发育异常引起宫颈内口扩张，同时子宫峡部缺陷，妊娠中期后，羊水增多，胎儿长大，宫腔内压力增高，胎囊自宫颈内口突出，宫颈管逐渐缩短、扩张，当压力增高到一定程度，胎膜忽然破裂，导致胎儿排出流产。
五、遗传因素
近亲结婚，夫妻双方或一方染色体异常，夫妻双方血缘关系越近，下一代染色体异常越易表现为显性，染色体异常胚胎多不能存活而导致流产，也有出现畸胎、胎儿发育迟缓，或虽存活但表现为染色体异常显性遗传。
